Der Fondsbuchhalter / die Fondsbuchhalterin übt eine sehr spezialisierte kaufmännische Tätigkeit aus – er verwaltet das ihm anvertraute Fondsvermögen, unterstützt den Fondsmanager bei dem Ziel, hohe Erträge zu erwirtschaften, und überprüft und kontrolliert den gesamten Fondsbestand. Die Ermittlung des tatsächlichen Fondsvermögens gehört ebenso zu seinen Aufgaben, wie die Abstimmung der Wertpapier- und Geldbestände mit den Depotbanken. Der Fondsbuchhalter überwacht ebenso die eingehenden Zins- und Dividendenzahlungen, und erledigt alle im Zusammenhang mit dem Wertpapierbestand anfallenden Geschäftsfälle.
Je nach Unternehmen ist der Fondsbuchhalter dann auch für die Vorbereitung der Unterlagen zur Fondsprüfung zuständig, und erledigt selbstständig die Jahresabschlüsse der von ihm verwalteten Wertpapierfonds. Die Tätigkeit erfordert neben einer ausgeprägten Zahlenaffinität vor allem auch eine solide Kenntnis des Aktienmarktes und aller Wertpapiergeschäfte. Sich über Kursentwicklungen und Börsennachrichten selbstständig auf dem Laufenden zu halten, wird meist ohnehin vorausgesetzt. Da der Fondsbuchhalter selten allein verantwortlich ist, sondern nur ein Teil eines größeren Teams sind absolute Verlässlichkeit und eine Teamplayer-Einstellung praktisch ein Muss in diesem Beruf.