Ein Zollsekretär bzw. eine Zollsekretärin übernimmt als Beamter bzw. Beamtin des Bundes im mittleren Dienst Aufgaben in der Zollverwaltung. Als Dienststellen kommen Hauptzollämter und Zollfahndungsämter infrage. Weitere Arbeitsstätten stellen das Zollkriminalamt und der Wasserzoll dar.
Der im Zollabfertigungsdienst arbeitende Beamte prüft und erfasst gewerbliche Warensendungen. Des Weiteren bearbeitet er Zollanträge. Findet er seinen Einsatzort in der Reiseverkehrsabfertigung, kontrolliert er Fahrzeuge, das Gepäck der Reisenden sowie die Ausweispapiere. Die gesetzlichen Vorschriften beachtend setzt er Abgaben, wie Zölle, Verbrauchssteuern sowie Einfuhr-Umsatzsteuern auf Waren fest. Er verhindert das illegale Einreisen von Personen bzw. die nicht gesetzeskonforme Einfuhr von Waren. Beamte des mittleren Dienstes bei der Grenzaufsicht und dem Wasserzoll übernehmen grenzpolizeiliche, zöllnerische und den Umweltschutz betreffende Aufgaben. Im Betriebsprüfungsdienst bekämpfen Zollsekretäre illegale Beschäftigungen und kontrollieren die Einhaltung gesetzlicher Bestimmungen beim Handel mit verbrauchsteuerpflichtigen Waren. Im Hauptzollamt übernehmen sie sachbearbeitende Aufgaben.